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故事从1582年的剧本情节展开。

1582年，地点是安土城。

在父亲森可成去世后，森家兄弟们受到了信长的特别恩宠，能够在他身边侍奉。兰丸作为武士之子，一直渴望在战场上为织田家效力，但信长认为时机尚早。尽管兰丸被赐名为成利，他仍未被允许举行成人礼。兰丸心中暗自决定，不再沉迷于大人的宠爱，而是要通过战功来侍奉信长，他的机会正悄然临近……

回到家中，收到了信长召见的命令。来到评定间，见信长怒气冲冲地指挥整备武具和粮草，准备进攻伊贺。尽管伊贺与织田方的德川家有同盟关系，但信长全然不顾。织田大军迅速出发攻打伊贺。到达后，藤堂高虎等谋士正在考虑如何应对闭门不出的伊贺众，信长却惊人地表示：“我不是来与他们作战，而是要摧毁他们的根据地。”众人惊讶之际，信长下令：“在附近的村庄放火！神社、佛阁全烧毁！无论田地还是山林都放火吧！”显然是要让伊贺全境化为废墟！天正12年1月，信长下令全面剿灭伊贺地区，村庄、山林、寺庙无一幸免。不论是和尚、忍者还是妇女，均遭杀害。这场事件被史称为『天正伊贺之乱』。信长为何如此残暴，至今仍不得而知，但伊贺确实遭受了重创。伊贺众的首领百地三太夫生死未卜，伊贺忍者团体遭到毁灭性打击，信长的暴行也更加显著了…事后，伊贺的粮食和防御力大幅下降。

回到安土城，没有多言，兰丸在家静养一个月。出门时得知骏府城主穴山梅雪投降德川家康，这是否预示着武田氏即将消亡？兰丸继续修养，直到评定会。来到评定间，信长慷慨激昂地宣布要消灭武田家，并让信忠担任总大将，自己作为后援，浩浩荡荡开赴甲府城！武田胜赖意识到死守不利，带军前往岩殿城，却未料到此举断了自己的退路。到达岩殿城时，德川家康的部队已展开攻势，迫使胜赖对织田信忠的军队发起最后一击…这一战22000对8000，只要信忠不死，即可击溃武田胜赖。全歼武田军后，长期威胁织田家的武田家被消灭，武田胜赖自杀，年仅37岁…嫁给胜赖的北条家公主也殉情，年仅19岁，其辞世诗云：“一如黑发纷乱之世绝无尽，于思念消逝的露水之玉”。此后，曾属武田家的真田昌幸独立，在上田城建立了真田家。

天目山之战消灭武田后，织田军在信长的提议下，于富士山下举办庆功宴。宴席上，日向守明智光秀感慨道：“打倒如此强盛的武田家，我们的力量可谓天下第一。拥戴如此卓越的主君，我们充满斗志，今后要朝统一全国的目标前进！”话音未落，信长勃然大怒，斥责光秀无端揽功，信忠上前劝阻，信长却在他面前打了光秀几个耳光。尽管信长事后向光秀道歉，但一层阴影已笼罩在即将统一全国的织田家上空…

回到安土，听闻信长召见，森兰丸再次来到评定间，得知羽柴秀吉请求援助。信长认为猴子这么做是为了让自己获得功劳，于是决定让信忠担任总大将，带少数兵力前往，而兰丸作为信长的亲随，自然随行。信长决定先到京都与信忠会合，稍作休整后再出发。在京町与信忠相遇，信忠表达了对仅带少量兵力的不安，但信长确信没有人能对自己造成威胁，于是让信忠去妙觉寺休息，自己和兰丸则留在一个至今仍为人津津乐道的地方——本能寺。

当晚，携带众多珍贵茶具的博多豪商岛井宗室，与闻名畿内的茶圣千宗易以及信长的朝廷联络官菊亭晴季，应信长之邀齐聚本能寺举行茶会。茶会平静地结束了，大家进入梦乡。然而，破晓时分，京都的孩童被军队的马蹄声惊醒，回响在清晨的街道中…信长被惊醒，才知本能寺已被大军包围，而兰丸认出了大将的旗帜——水色桔梗，明智光秀！信长知道大势已去，命令小姓们焚烧本能寺，但兰丸决心保护信长，举枪杀向明智军…第一战1对4，这场个人战全靠你自己。

经过森兰丸的浴血奋战，终于杀出一条血路，带着信长冲出被烈火吞噬的本能寺。但在逃亡过程中，兰丸不幸被流箭所伤，拖着伤体，他和信长来到信忠驻地妙觉寺，却发现此地也被光秀的士兵包围，信忠生死不明。兰丸建议从鸟羽向南绕路回安土，途中又遇明智的追兵…第二战2对5，但兰丸受伤，而信长不能倒下，难度比第一战高许多，仍需靠自己。

艰难取胜后，森兰丸体力降至20，两人绕路南返安土，途经大和郡山城，决定回安土后立即出兵讨伐逆贼明智光秀。由于大和郡山城的筒井顺庆与明智关系密切，两人马不停蹄赶到从属于织田家的甲贺之里，从甲贺之里首领多罗尾光俊处得知信忠已壮烈战死，而光秀正与畿内诸大名和朝廷联络。准备回安土的兰丸因伤口化脓发起高烧，多罗尾光俊用独门密药治愈了兰丸。经过一番道谢和奔波，两人终于回到安土，准备点兵讨伐明智光秀，却得知在逃亡过程中，羽柴秀吉已迅速返回畿内，在天王山击溃了明智光秀，光秀死于不知名农民之手。信长一面赞扬猴子的神速，一面对在此次事变中立下大功的森兰丸给予高度赞赏，并准许兰丸元服，正式成为织田家武将。元服名并非先前的“成利”，而是从信长名字中取一字，命名为“长定”。森长定也决心如兄长森长可般，为织田家效忠到底。

就这样，在织田家内部引发巨大动荡的『本能寺之变』终于结束了。